Cerita ini mengikuti seorang protagonis yakni Otonashi, seorang anak yang mengalami amnesia mengenai hidupnya dulu sebelum mati. Setelah kebangkitan di akhirat ini, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Yuri yang mengajaknya untuk bergabung dengan Shinda Sekai Sensen (SSS) (死んだ世界戦線). Sebuah organisasi yang ia dirikan dan ia pimpin yang berperang melawan Tuhan sebagai protes atas kejamnya nasib para anggota SSS dalam hidup mereka sebelumnya. Musuh mereka satu-satunya di dunia ini adalah ketua OSIS, Angel (天使 Tenshi), siswa dengan kekuatan supranatural yang bertempur melawan SSS.