Seorang anak laki-laki bernama Oz Vessalius, 15 tahun, adalah anak yang kaya raya, suka kesenangan, dan hanya kekurangan kasih sayang ayahnya. Saat upacara kedewasaan, semuanya berubah. Oz dibawa masuk ke dalam penjara bernama Abyss dengan alasan yang tidak dia mengerti oleh sekelompok orang berjubah merah. Oz diselamatkan oleh 'chain' bernama Alice a.k.a B-Rabbit/Bea-Rabbit. Misteri dimulai ketika Oz menyadari hal2 dibalik Alice, Abyss dan sebuah organisasi bernama Pandora. Cerita ini diasumsikan bereferensi pada Alice's Adventures in Wonderland karangan Lewis Carroll dan Through Looking Glass yang mempunyai segi fantasi dan misteri. .

Kyousuke Kousaka, seorang siswa SMA normal 17 tahun, belum berbaikan dengan adiknya, Kirino, dalam beberapa tahun. Lebih lama daripada yang bisa diingatnya. Kirino telah mengabaikan kedatangan dan kepergiannya dan menatapnya dengan mata memandang rendah. Sepertinya hubungan antara Kyousuke dan adiknya yang sudah empat belas tahun, akan terus seperti ini selamanya.
Namun, suatu hari, Kyousuke menemukan DVD anime dengan judul Hoshikuzu Witch Merle, yang jatuh ke  pintu masuk rumahnya. Yang mengejutkan Kyousuke, di dalam kaset ini adalah Video Game dewasa (Eroge) tersembunyi berjudul Imouto to Koishiyo! (Cinta dengan Adik Perempuan!). Kyousuke memutuskan untuk mencari tahu, dia melakukannya dengan cara memasang topik Anime di meja makan keluarga. Semua reaksi negatif di tunjukan oleh orang tua-nya, terutama ayahnya yang anti otaku.
Malam itu, Kirino pergi ke kamar Kyousuke dan, dalam percakapan sebelumnya dia bergelagat aneh mungkin karena sudah beberapa tahun tak berbincang, lalu dia bilang “Aku mempunyai beberapa urusan untuk di bicarakan”. Kirino membawa Kyousuke ke kamarnya dan menunjukkan kepadanya koleksi anime dan permainan moe & Bishoujo lolicon yang telah dikumpulkan secara rahasia. Lalu Kyousuke menjadi konsultan dalam Hobi-nya ini.

Cerita ini mengikuti seorang protagonis yakni Otonashi, seorang anak yang mengalami amnesia mengenai hidupnya dulu sebelum mati. Setelah kebangkitan di akhirat ini, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Yuri yang mengajaknya untuk bergabung dengan Shinda Sekai Sensen (SSS) (死んだ世界戦線). Sebuah organisasi yang ia dirikan dan ia pimpin yang berperang melawan Tuhan sebagai protes atas kejamnya nasib para anggota SSS dalam hidup mereka sebelumnya. Musuh mereka satu-satunya di dunia ini adalah ketua OSIS, Angel (天使 Tenshi), siswa dengan kekuatan supranatural yang bertempur melawan SSS.

Infinite Stratos (IS), sebuah sistem exoskeleton weaponized, yang telah menjadi alat yang dominan dalam peperangan dan konflik. Sayangnya IS ini tidak bisa di operasikan oleh laki, melainkan perempuan yang hanya bisa mengoprasikan Infinite Stratos… dengan sangat sedikit pengecualian. Salah satu pengecualian adalah Orimura Ichika, seorang anak yatim piatu yang dibesarkan oleh kakak perempuannya yang terkenal sebagai pilot IS. Ketika kompatibilitas dengan IS ditemukan setelah dia sengaja menyentuh IS pada usia 15 tahun, ia diberi beasiswa dan terdaftar di sebuah sekolah yang mengkhususkan diri dalam pelatihan pilot IS. Yang tentu saja berarti… menarik kehidupan dikelilingi oleh gadis-gadis.

Mizutani Shizuku adalah tipe orang yang hanya peduli dengan nilai-nilainya. Tapi ketika dia mengantarkan catatan secara tidak sengaja kepada Yoshida Haru, dia mengakui kalau mereka adalah teman.

Haru memiliki kepribadian yang tanpa rasa bersalah, tapi siapa pikir bahwa Haru PDKT dengan Shizuku?

Seorang gadis berhati dingin dan pembuat masalah percintaan dengan perspektif baru.