Kota Munich, Jerman, 1923. Dua tahun semenjak Edward Elric diseret dari dunianya ke dunia kita, meninggalkan negerinya, para sahabatnya dan adiknya, Alphonse. Kehilangan kekuatan alkeminya, dia meneliti bidang peroketan bersama Alphonse Heiderich, seorang pria yang mirip dengan adiknya, yang berharap suatu hari dia bisa menemukan jalan pulang. Usahanya sejauh ini terbukti sia-sia, namun setelah ia membantu seorang gadis gypsi yang kesulitan. Edward terseret ke dalam peristiwa-peristiwa yang bisa membawa malapetaka pada dua dunia tersebut. Sementara itu, di dunianya sendiri, Alphonse Elric mendalami ilmu alkeminya agar bisa kembali bersatu dengan kakaknya.